Precalentar el horno a 180°. Lavar la calabaza y cortarla en rodajas.
Colocar las rodajas en una fuente de horno. Cubrir con papel de aluminio y meter en el horno durante unos 40 minutos. Mientras tanto, hervir las patatas en agua caliente. A continuación, sacar la calabaza del horno y las patatas del agua, dejar enfriar, pelar y trocear.
Poner todo en un bol y triturar con un machacador. Añadir sal, nuez moscada y harina. Amasar todo bien con las manos.
Espolvorear la superficie de trabajo con harina, formar pequeñas "salchichas" con la masa (deben tener aproximadamente 1 cm de diámetro). Cortar el rollo de masa en trozos. Si lo deseas, haz pequeñas muescas en la parte superior de los ñoquis con un tenedor.
Cortar el queso en cubos. Verter la nata en un cazo y añadir el queso en dados. Cocinar a fuego lento hasta que el queso se haya derretido y mezclar bien.
Poner los ñoquis en agua hirviendo y cocerlos durante 2-5 minutos.
Mezclar los ñoquis con la salsa, salpimentar si es necesario, servir en un plato y decorar con cubos de queso y romero.